单向阀污染或泵密圈磨损会导致流量偏低或波动，从而导致保留时间变化。单向阀污染可以进行超声清洗，随着使用时间的增加，泵密封圈会出现磨损，而且使用高浓度缓冲盐为流动相，会缩短泵密圈的使用寿命，可以根据使用情况及密封圈故障率定期更换密封圈，通常一年更换一次即可。
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低压：一般而言，低压适合易分离化合物，但分离时间长很容易造成敏感化合物分解。中压：中压一般采用恒流泵提供恒定的流动相流速，填料颗粒更小，分辨率更高，耐受更高压力和更快流速。高压：高压通常在分离制备的后阶段采用，应用于分离困难的样品，纯度甚至能达到99.9%。
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分离度降低原因和解决方法
1、流动相污染或变质（引起保留时间变化）
重新配置流动相
2、保护柱或分析柱阻塞
去掉保护柱进行分析。如果---则更换保护柱。如果分析柱阻塞，可进行反冲。如果问题仍然存在色谱柱可能被强保留的污染物损坏，---制备色谱仪---，建议使用恰当的再生程序。如果问题仍然存在，进口可能阻塞了，更换入口处的筛板或更换色谱柱。
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